Η σημαία της ΑΕΚ ήταν από την Ημαθία
Ο Μίμης Παπαϊωάννου ήταν εξαιρετικός τεχνίτης αριστεροπόδαρος ηγέτης δεινός σκόρερ και παρά το ύψος του (1.68) είχε εκπληκτική αλτικότητα και σημείωσε πολλά γκολ με κεφαλιά!
Έπαιζε πάντα με το νούμερο 10 στα αριστερά της επίθεσης και μόνο με την έλευση του Θωμά Μαύρου γύρισε στα χαφ σαν κλασικό δεκάρι.
Ξεκίνησε την καριέρα του στην Βέροια (1959-1962) και σε 84 αγώνες σημείωσε 40 γκολ.
Το 1962 πήρε μεταγραφή στην ΑΕΚ έναντι 175.000 δραχμών.
Στην ΑΕΚ έπαιξε 17 χρόνια (1962-1979) και σε 480 αγώνες σημείωσε 234 γκολ. Κατέκτησε 5 πρωταθλήματα (1963,1968,1971,1978,1979) και 3 κύπελλα (1964,1966,1978) ενώ αναδείχθηκε δύο φορές πρώτος σκόρερ το 1964 με 29 γκολ και το 1966 με 23 γκολ.
Τον Μάιο το 1965 έγινε ένας φιλικός αγώνας μεταξύ της ΑΕΚ και της Ρεάλ Μαδρίτης. Ο αγώνας έληξε ισόπαλος 3-3 και ο Παπαϊωάννου ήταν εκπληκτικός και σημείωσε δύο γκολ. Τον Οκτώβριο του 1965 ήρθε πρόταση της Ρεάλ για τον Παπαϊωάννου ύψους 4 εκατομμυρίων δραχμών και 750.000 δραχμές για τον ποδοσφαιριστή αλλά η ΑΕΚ την απέρριψε.
Απογοητευμένος ο Παπαϊωάννου αποφάσισε να σταματήσει το ποδόσφαιρο και ακολούθησε τον φίλο του Στέλιο Καζαντζίδη και την Μαρινέλλα σε περιοδεία στην Δυτική Γερμανία.
Λίγο καιρό αργότερα με την μεσολάβηση του Καζαντζίδη επέστρεψε στην ΑΕΚ που του πρόσφερε 500.000 δρχ.
Έκλεισε την καριέρα του στις ΗΠΑ στον Παγκυπριο-Ελευθερία Νέας Υόρκης (1979-1980).
Στην εθνική ομάδα έπαιξε σε 61 αγώνες (1963-1978) και σημείωσε 21 γκολ.
Η IFFHS τον ψήφισε κορυφαίο Έλληνα ποδοσφαιριστή τον 20ο αιώνα, ενώ το 2003 η ΕΠΟ τον ψήφισε 3ο καλύτερο Έλληνα ποδοσφαιριστή.
